برای نخستین بار هسته تحصیلات عالی در کشور به تاریخ اول عقرب ۱۳۱۱هـ ش با تأسیس پوهنځی طب در شهر کابل گذاشته شد. 

در سال ۱۳۲۵ پوهنتون كابل تأسيس گرديد.

در سال ۱۳۴۳ پوهنتون ننگرهار و در سال ۱۳۴۸ پولی تخنیک کابل ایجاد گردید.

در سال ۱۳۵۶ هـ ش برای انسجام مؤسسات تحصیلات عالی کشور ، گسترش و توسعه نهاد های تحصیلی، وزارت تحصیلات عالی به مثابه بزرگترین ارگان فرهنگی تأسیس گردید.

در سال ۱۳۷۳ به اساس هدایت حکومت وقت، بخش تعلیمات تخنیکی مسلکی و حرفوی از وزارت تحصیلات عالی و مسلکی به وزارت معارف ملحق گردید که در نتیجه(۴۲) مؤسسه تخنیکی مسلکی و حرفوی با تمام تشکیلات و دارائی آن از وزارت تحصیلات عالی خارج و در چوکات تشکیل وزارت معارف مدغم گردید. همچنان ادغام تمام پیداگوژی های افغانستان که دارای نظام درسی لیسانس بودند؛ با تمام تشکیلات و پرسونل و دارايی های منقول و غیر منقول از وزارت معارف به چوکات وزارت تحصیلات عالی در آمد.